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      花鼠染色體水平基因組首次破譯成功_當前熱文

      時間:2023-01-07 11:08:45       來源:光明網-《光明日報》


      (相關資料圖)

      【科技前沿】

      光明日報呼和浩特1月5日電?記者高平、王瀟從內蒙古自治區科技廳獲悉,近日,赤峰學院農學院相吉山研究員科研團隊聯合曲阜師范大學生命科學學院易現峰教授團隊首次破譯了花鼠的染色體水平基因組,成功組裝了全球第一個花鼠屬物種的染色體水平基因組。該研究得到了國家自然科學基金的支持,研究成果在國際期刊《科學數據》(Scientific?Data)在線發表。

      花鼠別名金花鼠、五道眉、花栗鼠,是一種松鼠科鼠類,為小型半樹棲半地棲動物,主要棲息于山區與平原的針葉林、針闊混交林以及闊葉林和多灌叢地區。花鼠是唯一在古北界分布的花鼠屬物種,國外主要分布于俄羅斯西伯利亞、蒙古、朝鮮和日本,國內則主要分布于長江以北的廣大地區。花鼠作為重要的分散貯藏鼠類,在植物種子擴散、幼苗建成、種群擴張以及森林更新中具有舉足輕重的作用。截至目前,針對花鼠的研究主要圍繞生物學特性、行為、生態和系統地理學等;而該物種的基因組測序仍有很大的空白,制約了花鼠遺傳和進化機制的研究。

      據介紹,科研團隊綜合利用因美納公司測序、第三代單分子實時測序和染色體交互捕獲等多種技術,首次組裝了一只捕自內蒙古赤峰市旺業甸林場的雌性花鼠的染色體水平基因組。基于轉錄組證據、同源搜索等對基因組進行了分析,預測得到25311個蛋白編碼基因,其中94.73%的基因得到功能注釋。這些結果表明花鼠基因組具有較高的完整性和準確性,綜合組裝質量達到高水平。

      科研團隊通過基因組結構注釋分析判定重復序列共1.03Gb,占花鼠全基因組的38.87%。染色體共線性分析發現,花鼠與其他兩個具有染色體水平基因組的物種北松鼠和北美灰松鼠具有很強的同源性,同時,也發現了松鼠基因組進化過程中具有染色體重排的現象。除此之外,研究組選擇花鼠在內的20個代表性物種進行同源基因家族鑒定,共鑒定出20個物種共有基因家族20952個以及花鼠特有的基因家族148個,這為確定花鼠的系統發育地位和進化歷史提供了有效的分子數據。

      《光明日報》( 2023年01月06日?08版)

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